Xử lý nước thải được xếp vào công việc yêu cầu đảm bảo nghiêm ngặt an toàn lao động cao. Việc xử lý nước thải hiện nay vẫn còn gặp nhiều khó khăn do các công ti không đầu tư nhiều vào các hệ thống này. Hệ thống xử lý nước thải giúp nguồn nước thải ra bên ngoài được vệ sinh, đảm bảo không ô nhiễm môi trường không gây độc hại cho môi trường xung quanh. Nước thải tại các công ty, nhà máy, xí nghiệp là những nguồn nước mang nhiều thành phần độc hại gây nguy cơ ô nhiễm cao, khó khắc phục khi tràn lan ra bên ngoài. Cách đây vài năm việc nước thải của nhà máy Vedan gây ô nhiễm nghiêm trọng làm dư luận xôn xao. Việc vậy cần có các biện pháp xử lý nước thải an toàn.

Xử lý nước thải không những đảm bảo an toàn về nguồn nước chảy ra mà còn an toàn đối với người vận hành các thiết bị xử lý nước thải. Các biện pháp an toàn trong xử lý nước thải được thực hiện từ khâu vận hành. Phải đảm bảo an toàn khi vận hành các thiết bị xử lý, khi bơm nước vào các thiết bị vận hành phải tránh bị tràn nước, kiểm tra các thiết bị xử lý để tránh bị rò rỉ chất thải ra bên ngoài. Người vận hành các thiết bị xử lý phải mặc đầy đủ các trang thiết bị bảo hộ để đảm bảo an toàn tuyệt đối, người vận hành phải trải qua các quá trình kiểm tra, đào tạo, huấn luyện an toàn lao động trong xử lý nước thải trước khi làm việc, luôn luôn có mặt tại vị trí của mình, đảm bảo thực hiện đúng các thao tác, kỹ thuật trong lúc làm việc, kiểm tra các thiết bị xử lý thường xuyên thông quá các thông số kỹ thuật. Trong việc sử dụng các hoá chất cần đảm bảo an toàn, mặc đồ bảo hộ lao động, sử dụngc các trang thiết bị bảo hộ khi pha chế quá chất, vệ sinh khu vực pha chế bằng nước sạch, tránh để rơi vãi hoá chất ra bên ngoài, thực hiện đúng các bước chỉ dẫn trong quá trình sử dụng, đậy kín quá chất sau khi sử dung. Khi vận hành các thiết bị xử lý nên lưu ý các vấn đề về điện.

Xử lý nước thải phải đảm bảo các yếu tố an toàn cho người xử lý cũng như đối với môi trường khi thải ra bên ngoài. Nước thải tiềm ẩn các nguy cơ độc hại, gây ảnh hưởng nghiêm trọng đến sức khoẻ con người vì vậy phải đảm bảo tuyệt đối an toàn trong quá trình xử lý chất thải. Không để chất thải không qua xử ký tràn ra bên ngoài.